La pupe (du latin : pupa, « poupée »), chez les insectes diptères, est le stade intermédiaire entre l'état de larve (appelée asticot) et celui d'imago, au cours de la métamorphose^,. Elle est donc un cas particulier de nymphe, au même titre que la chrysalide des lépidoptères.

Il faut toutefois noter une particularité importante : alors que les chrysalides se forment par une mue nymphale complète, la pupe se forme au cours d'un processus comprenant toutes les étapes de la mue sauf l'exuviation. En effet, la pupaison se réalise à l'intérieur de la cuticule du dernier stade larvaire, qui n'est pas rejetée, mais qui se durcit et devient un cocon abritant l'ensemble des transformations de la métamorphose. Avant l'exuviation de l'adulte, trois cuticules se trouvent donc emboîtées dans la pupe : à l'extérieur, l'ancienne cuticule larvaire, durcie ; en dessous, la cuticule pupale proprement dite, très fine ; et, dessous encore, la cuticule pré-exuviale de l'imago en formation.

Les stades de croissance par mues successives d'une mouche sont donc : œuf → généralement trois stades larvaires (asticot) → pupe → imago.